ساعت 9صبح روز سه شنبه 27 آذر 1358 در دانشکده الهیات ومعارف اسلامی جنایت هولناکی صورت گرفت. آیت‌الله مفتح توسط گروه فرقان ترور شد. علاوه بر وی دو محافظ او بنام «جواد بهمنی و اصغر نعمتی» هم در این سوء قصد به شهادت رسیدند. در روز 28 آذر تشییع جنازه وی با حضور خانواده شهید و نزدیکان دکتر مفتح از جمله دکتر بهشتی، دکتر باهنر و دیگران و هزاران نفر از مردم برگزار شد. مردم در این روز شعار می‌د:« عزا عزا است امروز، روز عزاست امروز، خمینی بت‌شکن صاحب عزاست امروز»
از ویژگی منحصربه فرد آیت‌الله مفتح آن است که با وجود نقش و حضور مؤثر او در جریانات و حوادث نام او کمتر مطرح شده است. مقام معظم رهبری در یکی از سخنرانی‌های خود به مناسبت بیستمین سالروز شهادت آیت‌الله دکتر مفتح به این موضوع اشاره کرده و می‌فرمایند:«بسیار به جاست که وهله اول از شهید عزیزمان مرحوم آیت‌الله مفتح رحمت‌الله علیه یاد کنیم که این روز برکات خون آن شهید بزرگوار ماست. خود آن عزیز هم همین طور بود. کم نمود و کم تظاهر اما پر حضور و پرتحرک. اسم او کمتر برده می‌شد، اما آثارش خیلی جاها بود، یکی از آنها دانشگاه بود و یکی از آنها حوزه. آنها که یاد آن عزیز را گرامی داشتند و با او انس گرفته‌اند، می‌دانند حضور شهید مفتح در سال‌های تاریک اختناق در پایگاه‌های مقاومت و معرفت و فرهنگ انقلاب یعنی مساجد یک حضور نمایان و کم‌نظیر بود. هر جا او بود پایگاه بود. همان وقت‌ها مسجد قبا معروف بود، مسجد جاوید معروف بود که آثار شهید مفتح بود، اسم خود این عزیز کمتر آورده می‌شود، با این که آنها از برکات وی بودند حالا هم همین طور است، وحدت حوزه و دانشگاه معروف است، مفتح لابه‌لای یادهای این هفته گم می‌شود، یادش فراموش می‌شود. این جزو افتخارات اوست که آثارش از اظهاراتش از امنیت‌هایش همیشه بیشتر و مشهورتر بوده....»
